15日下午，武汉大学医学部病毒研究所杨占秋教授接受《环球时报》记者采访时表示，北京新发地4天内确诊79个病例，说明北京新发地发现的新冠病毒传染力有可能强于武汉华南海鲜市场；采访中，他还认为若病毒是从海外经冷鲜生物类产品输入，那么“外防输入”中所包含的内容就要扩大到对这些产品的海关检疫上；另外，病毒类型不同，对疫苗研发也有影响，杨占秋认为这增加了疫苗研发的难度。
北京市疾控中心新冠肺炎疫情防控专家组成员杨鹏日前表示，通过全基因组测序发现病毒是从欧洲方向来的，初步判定与输入性有关。15日，中国疾控中心流行病学首席专家吴尊友表示，病毒“肯定不是北京原发地发生的，是从外地引进的”。他判断病毒“更像欧洲的”，来自欧洲或者是美洲。
15日，杨占秋向《环球时报》分析说，如果确诊病例感染的病毒类型与新发地市场环境中采样的病毒类型完全吻合，且都来自欧洲，那么病毒通过食品或者人从欧洲“带进”中国的指向就比较明确了。基于此，杨占秋倾向于将北京新发地暴发的局部疫情定义为输入性疫情。
杨占秋解释说，“对病毒进行全基因组测序就如同给人类进行DNA鉴定一样，孩子的父母到底是谁？来自如里？检测结果比较确定。”另外，杨占秋指出，病毒基因型短期内不会发生变异，变异一般发生在两三年后，至10年20年。而不同的病毒检测结果表现为不同基因型，检测人员很容易辨别其中区别。
中共中央政治局委员、国务院副总理孙春兰14日召开国务院联防联控机制会议强调说，此次聚集性疫情与新发地农产品批发市场高度关联，市场人员密集、流动性大，疫情扩散的风险很高，要采取坚决果断措施，切实防止疫情扩散蔓延。中国疾控中心流行病学首席专家吴尊友15日下午接受采访时也表示，“在全国疫情基本上阻断了各类传播的形势下，北京突然出现爆发性的、短时间内集中出现的病例，这是形势严峻。”
根据国家卫健委发布的数据，11日起的四天内北京共确诊了79例病例。那么若病毒确定来自欧洲，会对北京的疫情防控带来哪些挑战呢？
首先，杨占秋认为，与年初武汉华南海鲜市场疫情对比，北京新发地两天就检出超过70例病例，说明病毒的致病性和传播力强于武汉。杨占秋认为，判断病毒致病性和传染性的强弱，要看暴露在某一环境下的发病人数和时长。他告诉《环球时报》，武汉卫健委12月底开始有官方通报，至2020年1月17日，报告确诊病例累计达到62例，接近于北京目前的新增确诊人数。杨占秋认为，北京用了四天时间确诊了79例病人，虽然检测样本足够大，技术能力也较强，但是这个数据仍然有些出乎意料；另外，武汉疫情爆发时正处于冬季低温期，有利于病毒传播。而眼下的北京正处于夏季高温，并不利于病毒扩散。除此之外，杨占秋还认为，武汉早期报告的病例中有相当病人没有华南海鲜市场的暴露史。基于上述因素进行综合判断后，杨占秋表示，“病毒在进化中传染力有时会增强，有时也会变弱，但是我认为北京新发地市场发现的新冠病毒的传染性已强于武汉华南市场了。”
但不同在于，中国已积累和建立了丰富的防疫经验和强大的联防机制，迅速采取措施对疫情进行了控制。另外，杨占秋认为，病毒类型不同对于疫苗的研发带来了新的难度。“毫无疑问，病毒基因型不同，会导致疫苗效果减弱甚至无效。这意味着疫苗既要对中国流行的病毒有效，又对欧洲流行的病毒有效，增加了疫苗研发的难度。”
另外，病毒类型不同导致不同症状或增加治疗难度，目前还未见证实。但杨占秋比较明确的认为，欧洲基因型的病毒不会对新冠肺炎有效药的研发产生影响。
对于众说纷纭的病毒溯源问题，杨占秋判断说，过往研究表明，冠状病毒不会感染鱼类等水生生物，三文鱼作为中间宿主的可能性几乎没有。他倾向于水产品或者牛羊肉、禽肉等在国外被加工过程中被病人污染，后经冷链运输被带入中国。作为病毒研究专家，杨占秋提示说，“中国已有效控制住了疫情，但没有想到北京突然又遭遇一波局部疫情的考验。中国的防疫重点一直放在海外人员的境外输入上，现在对进口农产品的海关检疫也应该足够重视。”