2020年6月2日，“夏日冷饮”专项检测启动，抽检16批次果茶（奶茶） 6批次食用冰，涉及喜茶、奈雪、都可、一点点等品牌。
南京市玄武区市场监管局食品科科长罗亚玲介绍，工作人员对冷饮店、咖啡店，包括一些快餐店的食用冰块都做检测，主要是检测卫生的指标，比如大肠菌群还有总菌群的数值。
目前，餐饮环节的散装食用冰尚无国家标准，抽检人员参照预包装食用冰标准做了风险评估。根据要求，菌落总数和大肠菌群标准分别为100CFU/g，10CFU/g （读CFU每克），1批次抽样来自喜茶南京珠江路店的食用冰，菌落总数检测为1200CFU/g，存在较大风险。
罗亚玲分析，出现菌落总数超标，可能是因为制冰机的设施设备或者餐饮制作场所原因，还有人员操作不规范等问题，都可能会造成这样的微生物污染。
此次专项检测，抽取了16批次现制现售的果茶、奶茶，结果显示，4批次样品存在微生物污染，其中包括1批次抽样自喜茶珠江路店的纯奶茶，和3批次抽样自喜茶中山路分店的果茶。
罗亚玲介绍，四款饮料里面有三款检出了大肠菌群，有四款菌落总数参照同类标准都是高于同类标准的。
抽检结果说明，这两家喜茶门店存在一定食品安全风险，如果不予重视，消费者食用相应产品后，很可能会引起胃肠道不适等。目前，对于抽检发现的问题，市场监管部门已经第一时间通报喜茶管理方，并约谈相关负责人，要求加强环境卫生的洗消和人员管理。
接下来，企业整改到位，要向市场监管部门提交整改报告，监管部门会随机的现场检查，如果有必要的话还会再开展一次检测。
对此，
今天上午喜茶官方微博
发文回应并道歉：
小编发现
喜茶已经不是第一次
被曝卫生安全问题了
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2019年5月29日，有顾客在喜茶苏州圆融店的外送饮品中喝出苍蝇。在经过相关部门到店卫生检查之后，确认存在卫生问题，并开具了停业整改通知书。随后，喜茶发布通报表示接受整改。
2018年12月4日，喜茶上海兴业太古汇店被曝在外卖喜茶中，消费者喝到疑似“透明指套”的异物。随后，喜茶官方回应称，喜茶全店的包装、服装和用具，并沒有类似的透明物，店内也没有使用类似指套的用具。喜茶官方表示，“担心产品是不正规的跑腿员在送货过程中导致。”
除了被曝“喝出异物”问题外，喜茶线下门店的其他卫生状况也引发质疑。
2019年1月4日，喜茶西安赛格店被曝“垃圾爆满，环境脏乱差”。事发后，喜茶官方回应称，环境卫生问题系跨年期间客流量剧增、工作人员未能及时清理垃圾桶等原因造成，而其产品本身的食品安全是“绝对有保障的”。
2019年4月30日，喜茶厦门万象城店在接受当地市场监管部门检查时被发现多处不合规。其中，现场抽检中，盛放水果的容器ATP指数严重超标（注：ATP是三磷酸腺苷的缩写，ATP指数超标说明餐具清洁程度不达标）。5月10日，喜茶官方致歉并表示“当天整改”，“整改后各项指标均已达标”。
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